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微波在食品包装袋上的最大应用是用于食品包装袋和灭菌。微波杀菌的特点是低温杀菌，保持营养成分和传统风味。微波能穿透食品内部，频率为2450MHz,以每秒24.5亿次的振荡，通过特殊的热和非热效应杀死细菌。与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间里，获得所需的消毒杀菌效果，微波消毒比常规加热消毒所需温度低，杀菌可以从表面 到内部，实验证明，一般在70度就可以全部杀死大肠杆菌，在80-90度细菌总数大大降低，时间只需2-3min。速度快，时间短，因此对保留食品中的营养成分、传统风味、延长保质期、提高产品质量有显著的效果。此外，微波杀菌机理除热效应外，还有某些非热效应（如光化学效应）、电磁共振效应和均致力效应等，可以方便地用于食品包装的灭菌中。
另外，水分子对微波吸收最好，所以含水量高的部分，吸收微波功率多于含水量较低的部分。这就是选择性加热的特点，利用这一特点可以做到食品均匀加热。
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